Felix Hoffstaedter
28ba30be16
=== Do not change lines below ===
{
"chain": [],
"cmd": "singularity exec -B {pwd} --cleanenv code/pipeline/cat12.9_r2665.simg sh -e -u -x -c '\n mkdir -p {outputs[0]} || true && cp {inputs[0]} {outputs[0]} && /singularity -b code/cat_standalone_segment_enigma_subdir_rp.m {outputs[0]}/*.nii.gz && /singularity -b code/pipeline/batches/cat_standalone_batch-surfext.m {outputs[0]}/surf/lh.central.* && /singularity -b code/pipeline/batches/cat_standalone_batch-thick1.m {outputs[0]}/surf/lh.thickness.* && /singularity -b code/pipeline/batches/cat_standalone_batch-thick2.m {outputs[0]}/surf/lh.thickness.* && rm -f {outputs[0]}/*.nii* && gzip {outputs[0]}/*/*.nii '",
"dsid": "3827f929-f218-4211-9e52-9e59f1dcc1a2",
"exit": 0,
"extra_inputs": [
"code/pipeline/cat12.9_r2665.simg"
],
"inputs": [
"inputs/ds005479/sub-21/anat/sub-21_T1w.nii.gz"
],
"outputs": [
"sub-21"
],
"pwd": "."
}
^^^ Do not change lines above ^^^
129 lines
5.3 KiB
(Stored with Git Annex)
CSV
129 lines
5.3 KiB
(Stored with Git Annex)
CSV
ROIid;ROIabbr;ROIname;Vgm;Vwm;Vcsf
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1;lSupParLo;Left Superior Parietal Lobule;1;0;0
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2;rSupParLo;Right Superior Parietal Lobule;1;0;0
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3;lCinGy;Left Cingulate Gyrus;1;0;0
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4;rCinGy;Right Cingulate Gyrus;1;0;0
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5;lSupFroGy;Left Superior Frontal Gyrus;1;0;0
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6;rSupFroGy;Right Superior Frontal Gyrus;1;0;0
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7;lMidFroGy;Left Middle Frontal Gyrus;1;0;0
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8;rMidFroGy;Right Middle Frontal Gyrus;1;0;0
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9;lFroGy;Left Frontal Gyrus;1;0;0
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10;rFroGy;Right Frontal Gyrus;1;0;0
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11;lPrcGy;Left Precentral Gyrus;1;0;0
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12;rPrcGy;Right Precentral Gyrus;1;0;0
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13;lPoCGy;Left Postcentral Gyrus;1;0;0
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14;rPoCGy;Right Postcentral Gyrus;1;0;0
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15;lAngGy;Left Angular Gyrus;1;0;0
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16;rAngGy;Right Angular Gyrus;1;0;0
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17;lCun;Left Cuneus;1;0;0
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18;rCun;Right Cuneus;1;0;0
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19;lLinGy;Left Lingual Gyrus;1;0;0
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20;rLinGy;Right Lingual Gyrus;1;0;0
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21;lFusGy;Left Fusiform Gyrus;1;0;0
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22;rFusGy;Right Fusiform Gyrus;1;0;0
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23;lParHipGy;Left Parahippocampus Gyrus;1;0;0
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24;rParHipGy;Right Parahippocampus Gyrus;1;0;0
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25;lSupOccGy;Left Superior Occipital Gyrus;1;0;0
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26;rSupOccGy;Right Superior Occipital Gyrus;1;0;0
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27;lOccGy;Left Occipital Gyrus;1;0;0
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28;rOccGy;Right Occipital Gyrus;1;0;0
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29;lMidOccGy;Left Middle Occipital Gyrus;1;0;0
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30;rMidOccGy;Right Middle Occipital Gyrus;1;0;0
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31;lEnt;Left Entorhinal Area;1;0;0
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32;rEnt;Right Entorhinal Area;1;0;0
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33;lSupTemGy;Left Superior Temporal Gyrus;1;0;0
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34;rSupTemGy;Right Superior Temporal Gyrus;1;0;0
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35;lTemGy;Left Temporal Gyrus;1;0;0
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36;rTemGy;Right Temporal Gyrus;1;0;0
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37;lMidTemGy;Left Middle Temporal Gyrus;1;0;0
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38;rMidTemGy;Right Middle Temporal Gyrus;1;0;0
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39;lLatOrbGy;Left Lateral Orbital Gyrus;1;0;0
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40;rLatOrbGy;Right Lateral Orbital Gyrus;1;0;0
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41;lMidOrbGy;Left Middle Orbital Gyrus;1;0;0
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42;rMidOrbGy;Right Middle Orbital Gyrus;1;0;0
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43;lSupMarGy;Left Supramarginal Gyrus;1;0;0
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44;rSupMarGy;Right Supramarginal Gyrus;1;0;0
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45;lRecGy;Left Gyrus Rectus;1;0;0
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46;rRecGy;Right Gyrus Rectus;1;0;0
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47;lIns;Left Insula;1;0;0
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48;rIns;Right Insula;1;0;0
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49;lAmy;Left Amygdala;1;0;0
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50;rAmy;Right Amygdala;1;0;0
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51;lHip;Left Hippocampus;1;0;0
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52;rHip;Right Hippocampus;1;0;0
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53;lCbe;Left Cerebellum;1;1;0
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54;rCbe;Right Cerebellum;1;1;0
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55;lCST;Left corticospinal_tract;0;1;0
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56;rCST;Right corticospinal_tract;0;1;0
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57;lCbePed;Left Cerebellar Peduncle;0;1;0
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58;rCbePed;Right Cerebellar Peduncle;0;1;0
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59;lMedLem;Left Medial Lemniscus;0;1;0
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60;rMedLem;Right Medial Lemniscus;0;1;0
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61;lSupCbePed;Left Superior Cerebellar Peduncle;0;1;0
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62;rSupCbePed;Right Superior Cerebellar Peduncle;0;1;0
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63;lCbrPed;Left Cerebral Peduncle;0;1;0
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64;rCbrPed;Right Cerebral Peduncle;0;1;0
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65;lAntCapLIC;Left Anterior Capsule Limb of Internal;0;1;0
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66;rAntCapLIC;Right Anterior Capsule Limb of Internal;0;1;0
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67;lPosCapLIC;Left Posterior Capsule Limb of Internal;0;1;0
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68;rPosCapLIC;Right Posterior Capsule Limb of Internal;0;1;0
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69;lPosThR;Left Posterior Thalamic Radiation;0;1;0
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70;rPosThR;Right Posterior Thalamic Radiation;0;1;0
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71;lAntCR;Left Anterior Corona Radiata;0;1;0
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72;rAntCR;Right Anterior Corona Radiata;0;1;0
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73;lSupCR;Left Superior Corona Radiata;0;1;0
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74;rSupCR;Right Superior Corona Radiata;0;1;0
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75;lPosCR;Left Posterior Corona Radiata;0;1;0
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76;rPosCR;Right Posterior Corona Radiata;0;1;0
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77;lCin+CinGy;Left Cingulate and Cingulum Gyrus;0;1;0
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78;rCin+CinGy;Right Cingulate and Cingulum Gyrus;0;1;0
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79;lCin+Hip;Left Cingulum and Hippocampus;1;1;0
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80;rCin+Hip;Right Cingulum and Hippocampus;1;1;0
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81;lForStrTer;Left Fornix Stria Terminalis;0;1;0
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82;rForStrTer;Right Fornix Stria Terminalis;0;1;0
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83;lSupLonLon;Left Superior Longitudinal Longitudinal;0;1;0
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84;rSupLonLon;Right Superior Longitudinal Longitudinal;0;1;0
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85;lSupOcc;Left Superior Occipital;0;1;0
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86;rSupOcc;Right Superior Occipital;0;1;0
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87;lOcc;Left Occipital;0;1;0
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88;rOcc;Right Occipital;0;1;0
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89;lSagStr;Left Sagital Stratum;0;1;0
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90;rSagStr;Right Sagital Stratum;0;1;0
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91;lCapExt;Left Capsule External;0;1;0
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92;rCapExt;Right Capsule External;0;1;0
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93;lUNC;Left Uncinate;0;1;0
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94;rUNC;Right Uncinate;0;1;0
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95;lPCT;Left Pontine Crossing Tract;0;1;0
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96;rPCT;Right Pontine Crossing Tract;0;1;0
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97;lMidCbePed;Left Middle Cerebellar Peduncle;0;1;0
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98;rMidCbePed;Right Middle Cerebellar Peduncle;0;1;0
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99;lBodForCol;Left (Body) Fornix Column;0;1;0
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100;rBodForCol;Right (Body) Fornix Column;0;1;0
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101;lCCGen;Left Corpus Callosum (Genu);0;1;0
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102;rCCGen;Right Corpus Callosum (Genu);0;1;0
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103;lCCBod;Left Corpus Callosum (Body);0;1;0
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104;rCCBod;Right Corpus Callosum (Body);0;1;0
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105;lCC;Left Corpus Callosum;0;1;0
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106;rCC;Right Corpus Callosum;0;1;0
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107;lCapRetLenINC;Left Capsule Retrolenticular_part_of_internal_capsule;0;1;0
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108;rCapRetLenINC;Right Capsule Retrolenticular_part_of_internal_capsule;0;1;0
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109;lRedNuc;Left Red-Nucleus;0;1;0
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110;rRedNuc;Right Red-Nucleus;0;1;0
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111;lSubNig;Left Substancia-Nigra;0;1;0
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112;rSubNig;Right Substancia-Nigra;0;1;0
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113;lTap;Left Tapatum;0;1;0
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114;rTap;Right Tapatum;0;1;0
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115;lCauNuc;Left Caudate Nucleus;1;0;0
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116;rCauNuc;Right Caudate Nucleus;1;0;0
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117;lPut;Left Putamen;1;0;0
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118;rPut;Right Putamen;1;0;0
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119;lTha;Left Thalamus;1;0;0
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120;rTha;Right Thalamus;1;0;0
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121;lGloPal;Left Globus Pallidus;1;0;0
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122;rGloPal;Right Globus Pallidus;1;0;0
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123;lMBR;Left Midbrain;0;1;0
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124;rMBR;Right Midbrain;0;1;0
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125;lPNS;Left Pons;0;1;0
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126;rPNS;Right Pons;0;1;0
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127;lMDA;Left Medulla;0;1;0
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128;rMDA;Right Medulla;0;1;0 |