Felix Hoffstaedter
28ba30be16
=== Do not change lines below ===
{
"chain": [],
"cmd": "singularity exec -B {pwd} --cleanenv code/pipeline/cat12.9_r2665.simg sh -e -u -x -c '\n mkdir -p {outputs[0]} || true && cp {inputs[0]} {outputs[0]} && /singularity -b code/cat_standalone_segment_enigma_subdir_rp.m {outputs[0]}/*.nii.gz && /singularity -b code/pipeline/batches/cat_standalone_batch-surfext.m {outputs[0]}/surf/lh.central.* && /singularity -b code/pipeline/batches/cat_standalone_batch-thick1.m {outputs[0]}/surf/lh.thickness.* && /singularity -b code/pipeline/batches/cat_standalone_batch-thick2.m {outputs[0]}/surf/lh.thickness.* && rm -f {outputs[0]}/*.nii* && gzip {outputs[0]}/*/*.nii '",
"dsid": "3827f929-f218-4211-9e52-9e59f1dcc1a2",
"exit": 0,
"extra_inputs": [
"code/pipeline/cat12.9_r2665.simg"
],
"inputs": [
"inputs/ds005479/sub-21/anat/sub-21_T1w.nii.gz"
],
"outputs": [
"sub-21"
],
"pwd": "."
}
^^^ Do not change lines above ^^^
57 lines
2.3 KiB
(Stored with Git Annex)
CSV
57 lines
2.3 KiB
(Stored with Git Annex)
CSV
ROIid;ROIabbr;ROIname;Vgm;Vwm;Vcsf;ROIbase
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21;lSupFroG;Left Superior Frontal Gyrus;1;1;0;
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22;rSupFroG;Right Superior Frontal Gyrus;1;1;0;
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23;lMidFroG;Left Middle Frontal Gyrus;1;1;0;
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24;rMidFroG;Right Middle Frontal Gyrus;1;1;0;
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25;lInfFroG;Left Inferior Frontal Gyrus;1;1;0;
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26;rInfFroG;Right Inferior Frontal Gyrus;1;1;0;
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27;lPrcG;Left Precentral Gyrus;1;1;0;
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28;rPrcG;Right Precentral Gyrus;1;1;0;
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29;lMidOrbG;Left Middle Orbitofrontal Gyrus;1;1;0;
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30;rMidOrbG;Right Middle Orbitofrontal Gyrus;1;1;0;
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31;lLatOrbG;Left Lateral Orbitofrontal Gyrus;1;1;0;
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32;rLatOrbG;Right Lateral Orbitofrontal Gyrus;1;1;0;
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33;lRecG;Left Gyrus Rectus;1;1;0;
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34;rRecG;Right Gyrus Rectus;1;1;0;
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41;lPoCG;Left Postcentral Gyrus;1;1;0;
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42;rPoCG;Right Postcentral Gyrus;1;1;0;
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43;lSupParG;Left Superior Parietal Gyrus;1;1;0;
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44;rSupParG;Right Superior Parietal Gyrus;1;1;0;
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45;lSupMarG;Left Supramarginal Gyrus;1;1;0;
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46;rSupMarG;Right Supramarginal Gyrus;1;1;0;
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47;lAngG;Left Angular Gyrus;1;1;0;
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48;rAngG;Right Angular Gyrus;1;1;0;
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49;lPCu;Left Precuneus;1;1;0;
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50;rPCu;Right Precuneus;1;1;0;
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61;lSupOccG;Left Superior Occipital Gyrus;1;1;0;
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62;rSupOccG;Right Superior Occipital Gyrus;1;1;0;
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63;lMidOccG;Left Middle Occipital Gyrus;1;1;0;
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64;rMidOccG;Right Middle Occipital Gyrus;1;1;0;
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65;lInfOccG;Left Inferior Occipital Gyrus;1;1;0;
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66;rInfOccG;Right Inferior Occipital Gyrus;1;1;0;
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67;lCun;Left Cuneus;1;1;0;
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68;rCun;Right Cuneus;1;1;0;
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81;lSupTemG;Left Superior Temporal Gyrus;1;1;0;
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82;rSupTemG;Right Superior Temporal Gyrus;1;1;0;
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83;lMidTemG;Left Middle Temporal Gyrus;1;1;0;
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84;rMidTemG;Right Middle Temporal Gyrus;1;1;0;
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85;lInfTemG;Left Inferior Temporal Gyrus;1;1;0;
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86;rInfTemG;Right Inferior Temporal Gyrus;1;1;0;
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87;lParHipG;Left Parahippocampal Gyrus;1;1;0;
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88;rParHipG;Right Parahippocampal Gyrus;1;1;0;
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89;lLinG;Left Lingual Gyrus;1;1;0;
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90;rLinG;Right Lingual Gyrus;1;1;0;
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91;lFusG;Left Fusiform Gyrus;1;1;0;
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92;rFusG;Right Fusiform Gyrus;1;1;0;
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101;lIns;Left Insula;1;1;0;
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102;rIns;Right Insula;1;1;0;
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121;lCinG;Left Cingulate Gyrus;1;1;0;
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122;rCinG;Right Cingulate Gyrus;1;1;0;
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161;lCau;Left Caudate;1;0;0;
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162;rCau;Right Caudate;1;0;0;
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163;lPut;Left Putamen;1;0;0;
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164;rPut;Right Putamen;1;0;0;
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165;lHip;Left Hippocampus;1;0;0;
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166;rHip;Right Hippocampus;1;0;0;
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181;bCBeL;Bothside Cerebellar Lobe;1;1;0;
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182;bBst;Bothside Brainstem;0;1;0; |