Felix Hoffstaedter
28ba30be16
=== Do not change lines below ===
{
"chain": [],
"cmd": "singularity exec -B {pwd} --cleanenv code/pipeline/cat12.9_r2665.simg sh -e -u -x -c '\n mkdir -p {outputs[0]} || true && cp {inputs[0]} {outputs[0]} && /singularity -b code/cat_standalone_segment_enigma_subdir_rp.m {outputs[0]}/*.nii.gz && /singularity -b code/pipeline/batches/cat_standalone_batch-surfext.m {outputs[0]}/surf/lh.central.* && /singularity -b code/pipeline/batches/cat_standalone_batch-thick1.m {outputs[0]}/surf/lh.thickness.* && /singularity -b code/pipeline/batches/cat_standalone_batch-thick2.m {outputs[0]}/surf/lh.thickness.* && rm -f {outputs[0]}/*.nii* && gzip {outputs[0]}/*/*.nii '",
"dsid": "3827f929-f218-4211-9e52-9e59f1dcc1a2",
"exit": 0,
"extra_inputs": [
"code/pipeline/cat12.9_r2665.simg"
],
"inputs": [
"inputs/ds005479/sub-21/anat/sub-21_T1w.nii.gz"
],
"outputs": [
"sub-21"
],
"pwd": "."
}
^^^ Do not change lines above ^^^
33 lines
No EOL
1.2 KiB
(Stored with Git Annex)
CSV
33 lines
No EOL
1.2 KiB
(Stored with Git Annex)
CSV
ROIid;ROIabbr;ROIname;Vgm;Vwm;Vcsf
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2;lCbrWM;Left Cerebral White Matter;0;1;0
|
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3;lCbrGM;Left Cerebral Cortex;1;0;0
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4;lLatVen;Left Lateral Ventricle;0;0;1
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5;lInfLatVen;Left Inf Lat Vent;0;0;1
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7;lCbeWM;Left Cerebellum White Matter;0;1;0
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8;lCbeGM;Left Cerebellum Cortex;1;0;0
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10;lThaPro;Left Thalamus Proper;1;0;0
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11;lCau;Left Caudate;1;0;0
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12;lPut;Left Putamen;1;0;0
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13;lPal;Left Pallidum;1;0;0
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14;b3thVen;Bothside 3rd Ventricle;0;0;1
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15;b4thVen;Bothside 4th Ventricle;0;0;1
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16;bBst;Bothside Brain Stem;0;1;0
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17;lHip;Left Hippocampus;1;0;0
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18;lAmy;Left Amygdala;1;0;0
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24;bCSF;Bothside CSF;0;0;1
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26;lAcc;Left Accumbens area;1;0;0
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28;lVenDC;Left Ventral Diencephalon;1;1;0
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41;rCbrWM;Right Cerebral White Matter;0;1;0
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42;rCbrGM;Right Cerebral Cortex;1;0;0
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43;rLatVen;Right Lateral Ventricle;0;0;1
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44;rInfLatVen;Right Inf Lat Vent;0;0;1
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46;rCbeWM;Right Cerebellum White Matter;0;1;0
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47;rCbeGM;Right Cerebellum Cortex;1;0;0
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49;rThaPro;Right Thalamus Proper;1;0;0
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50;rCau;Right Caudate;1;0;0
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51;rPut;Right Putamen;1;0;0
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52;rPal;Right Pallidum;1;0;0
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53;rHip;Right Hippocampus;1;0;0
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54;rAmy;Right Amygdala;1;0;0
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58;rAcc;Right Accumbens area;1;0;0
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60;rVenDC;Right Ventral Diencephalon;1;1;0 |