Felix Hoffstaedter
28ba30be16
=== Do not change lines below ===
{
"chain": [],
"cmd": "singularity exec -B {pwd} --cleanenv code/pipeline/cat12.9_r2665.simg sh -e -u -x -c '\n mkdir -p {outputs[0]} || true && cp {inputs[0]} {outputs[0]} && /singularity -b code/cat_standalone_segment_enigma_subdir_rp.m {outputs[0]}/*.nii.gz && /singularity -b code/pipeline/batches/cat_standalone_batch-surfext.m {outputs[0]}/surf/lh.central.* && /singularity -b code/pipeline/batches/cat_standalone_batch-thick1.m {outputs[0]}/surf/lh.thickness.* && /singularity -b code/pipeline/batches/cat_standalone_batch-thick2.m {outputs[0]}/surf/lh.thickness.* && rm -f {outputs[0]}/*.nii* && gzip {outputs[0]}/*/*.nii '",
"dsid": "3827f929-f218-4211-9e52-9e59f1dcc1a2",
"exit": 0,
"extra_inputs": [
"code/pipeline/cat12.9_r2665.simg"
],
"inputs": [
"inputs/ds005479/sub-21/anat/sub-21_T1w.nii.gz"
],
"outputs": [
"sub-21"
],
"pwd": "."
}
^^^ Do not change lines above ^^^
96 lines
4.3 KiB
(Stored with Git Annex)
CSV
96 lines
4.3 KiB
(Stored with Git Annex)
CSV
ROIid;ROIname;Vgm;Vwm;Vcsf;ROIcolor
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1;TL hippocampus R;1;0;0;0 204 0
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2;TL hippocampus L;1;0;0;0 204 0
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3;TL amygdala R;1;0;0;255 0 0
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4;TL amygdala L;1;0;0;255 0 0
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5;TL anterior temporal lobe medial part R;1;1;0;102 102 255
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6;TL anterior temporal lobe medial part L;1;1;0;102 102 255
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7;TL anterior temporal lobe lateral part R;1;1;0;255 177 100
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8;TL anterior temporal lobe lateral part L;1;1;0;255 177 100
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9;TL parahippocampal and ambient gyrus R;1;1;0;0 255 255
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10;TL parahippocampal and ambient gyrus L;1;1;0;0 255 255
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11;TL superior temporal gyrus middle part R;1;1;0;255 0 255
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12;TL superior temporal gyrus middle part L;1;1;0;255 0 255
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13;TL middle and inferior temporal gyrus R;1;1;0;102 0 0
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14;TL middle and inferior temporal gyrus L;1;1;0;102 0 0
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15;TL fusiform gyrus R;1;1;0;0 102 0
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16;TL fusiform gyrus L;1;1;0;0 102 0
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17;cerebellum R;1;1;0;255 215 0
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18;cerebellum L;1;1;0;255 215 0
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19;brainstem excluding substantia nigra;0;1;0;0 204 0
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20;insula posterior long gyrus L;1;1;0;0 204 0
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21;insula posterior long gyrus R;1;1;0;0 204 0
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22;OL lateral remainder occipital lobe L;1;1;0;255 0 0
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23;OL lateral remainder occipital lobe R;1;1;0;255 0 0
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24;CG anterior cingulate gyrus L;1;1;0;102 102 255
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25;CG anterior cingulate gyrus R;1;1;0;102 102 255
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26;CG posterior cingulate gyrus L;1;1;0;255 177 100
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27;CG posterior cingulate gyrus R;1;1;0;255 177 100
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28;FL middle frontal gyrus L;1;1;0;0 255 255
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29;FL middle frontal gyrus R;1;1;0;0 255 255
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30;TL posterior temporal lobe L;1;1;0;255 0 255
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31;TL posterior temporal lobe R;1;1;0;255 0 255
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32;PL angular gyrus L;1;1;0;102 0 0
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33;PL angular gyrus R;1;1;0;102 0 0
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34;caudate nucleus L;1;0;0;0 102 0
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35;caudate nucleus R;1;0;0;0 102 0
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36;nucleus accumbens L;1;0;0;255 215 0
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37;nucleus accumbens R;1;0;0;255 215 0
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38;putamen L;1;0;0;0 204 0
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39;putamen R;1;0;0;0 204 0
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40;thalamus L;1;0;0;255 0 0
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41;thalamus R;1;0;0;255 0 0
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42;pallidum L;1;0;0;102 102 255
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43;pallidum R;1;0;0;102 102 255
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44;corpus callosum;0;1;0;255 177 100
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45;Lateral ventricle excluding temporal horn R;0;0;1;255 177 100
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46;Lateral ventricle excluding temporal horn L;0;0;1;0 255 255
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47;Lateral ventricle temporal horn R;0;0;1;0 255 255
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48;Lateral ventricle temporal horn L;0;0;1;255 0 255
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49;Third ventricle;0;0;1;255 0 255
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50;FL precentral gyrus L;1;1;0;102 0 0
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51;FL precentral gyrus R;1;1;0;102 0 0
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52;FL straight gyrus L;1;1;0;0 102 0
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53;FL straight gyrus R;1;1;0;0 102 0
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54;FL anterior orbital gyrus L;1;1;0;255 215 0
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55;FL anterior orbital gyrus R;1;1;0;255 215 0
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56;FL inferior frontal gyrus L;1;1;0;0 204 0
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57;FL inferior frontal gyrus R;1;1;0;0 204 0
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58;FL superior frontal gyrus L;1;1;0;255 0 0
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59;FL superior frontal gyrus R;1;1;0;255 0 0
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60;PL postcentral gyrus L;1;1;0;102 102 255
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61;PL postcentral gyrus R;1;1;0;102 102 255
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62;PL superior parietal gyrus L;1;1;0;255 177 100
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63;PL superior parietal gyrus R;1;1;0;255 177 100
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64;OL lingual gyrus L;1;1;0;0 255 255
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65;OL lingual gyrus R;1;1;0;0 255 255
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66;OL cuneus L;1;1;0;255 0 255
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67;OL cuneus R;1;1;0;255 0 255
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68;FL medial orbital gyrus L;1;1;0;102 0 0
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69;FL medial orbital gyrus R;1;1;0;102 0 0
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70;FL lateral orbital gyrus L;1;1;0;0 102 0
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71;FL lateral orbital gyrus R;1;1;0;0 102 0
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72;FL posterior orbital gyrus L;1;1;0;255 215 0
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73;FL posterior orbital gyrus R;1;1;0;255 215 0
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74;substantia nigra L;0;1;0;0 204 0
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75;substantia nigra R;0;1;0;0 204 0
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76;FL subgenual frontal cortex L;1;1;0;255 0 0
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77;FL subgenual frontal cortex R;1;1;0;255 0 0
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78;FL subcallosal area L;1;1;0;102 102 255
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79;FL subcallosal area R;1;1;0;102 102 255
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80;FL pre-subgenual frontal cortex L;1;1;0;255 177 100
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81;FL pre-subgenual frontal cortex R;1;1;0;255 177 100
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82;TL superior temporal gyrus anterior part L;1;1;0;0 255 255
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83;TL superior temporal gyrus anterior part R;1;1;0;0 255 255
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84;PL supramarginal gyrus L;1;1;0;255 0 255
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85;PL supramarginal gyrus R;1;1;0;255 0 255
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86;insula anterior short gyrus L;1;1;0;102 0 0
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87;insula anterior short gyrus R;1;1;0;102 0 0
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88;insula middle short gyrus L;1;1;0;0 102 0
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89;insula middle short gyrus R;1;1;0;0 102 0
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90;insula posterior short gyrus L;1;1;0;255 215 0
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91;insula posterior short gyrus R;1;1;0;255 215 0
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92;insula anterior inferior cortex L;1;1;0;0 204 0
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93;insula anterior inferior cortex R;1;1;0;0 204 0
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94;insula anterior long gyrus L;1;1;0;255 0 0
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95;insula anterior long gyrus R;1;1;0;255 0 0 |