[ENH]: Support for Power 2013 coordinates #245
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@ -527,7 +527,7 @@ Available
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| NeuroImage, Volume 60, Pages 830-846 (2012).
|
||||
| https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2011.11.050.
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||||
* - Areal functional network from Power et al. (2011)
|
||||
- ``Power``
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||||
- ``Power2011``
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||||
- 0.0.2
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||||
- | Power, J. D., Cohen, A. L., Nelson, S. M. et al.
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||||
| Functional network organization of the human brain.
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||||
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@ -540,6 +540,14 @@ Available
|
|||
| Prediction of Individual Brain Maturity Using fMRI
|
||||
| Science, Volume 329(5997), Pages 1358-1361 (2010).
|
||||
| https://doi.org/10.1126/science.1194144
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||||
* - Areal functional network from Power et al. (2013)
|
||||
- ``Power2013``
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||||
- 0.0.4
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||||
- | Power, J. D., Schlaggar, B. L., Lessov-Schlaggar, C. N., &
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||||
| Petersen, S. E.
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||||
| Evidence for hubs in human functional brain networks.
|
||||
| Neuron, Volume 79(4), Pages 798–813 (2013).
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||||
| https://doi.org/10.1016/j.neuron.2013.07.035
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Planned
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1
docs/changes/newsfragments/245.change
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1
docs/changes/newsfragments/245.change
Normal file
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@ -0,0 +1 @@
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Rename ``Power`` coordinates to ``Power2011`` by `Synchon Mandal`_
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1
docs/changes/newsfragments/245.feature
Normal file
1
docs/changes/newsfragments/245.feature
Normal file
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@ -0,0 +1 @@
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Add support for ``Power2013`` coordinates by `Synchon Mandal`_
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264
junifer/data/VOIs/meta/Power2013_MNI_VOIs.tsv
Normal file
264
junifer/data/VOIs/meta/Power2013_MNI_VOIs.tsv
Normal file
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@ -0,0 +1,264 @@
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22 -65 48 1
|
||||
25 -58 60 2
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-35 20 0 3
|
||||
12 36 20 4
|
||||
40 18 40 5
|
||||
54 -28 34 6
|
||||
36 22 3 7
|
||||
59 -17 29 8
|
||||
-45 0 9 9
|
||||
46 -59 4 10
|
||||
-32 -1 54 11
|
||||
32 14 56 12
|
||||
-42 -60 -9 13
|
||||
-34 3 4 14
|
||||
37 1 -4 15
|
||||
29 -5 54 16
|
||||
11 -39 50 17
|
||||
37 -65 40 18
|
||||
-34 -38 -16 19
|
||||
-52 -63 5 20
|
||||
-10 11 67 21
|
||||
-44 2 46 22
|
||||
-3 26 44 23
|
||||
49 8 -1 24
|
||||
-33 -46 47 25
|
||||
-27 -71 37 26
|
||||
55 -45 37 27
|
||||
7 8 51 28
|
||||
36 10 1 29
|
||||
-39 51 17 30
|
||||
10 -62 61 31
|
||||
-16 -5 71 32
|
||||
43 49 -2 33
|
||||
37 32 -2 34
|
||||
10 -2 45 35
|
||||
47 -30 49 36
|
||||
36 -9 14 37
|
||||
-3 2 53 38
|
||||
-51 8 -2 39
|
||||
-1 15 44 40
|
||||
31 -14 2 41
|
||||
19 -8 64 42
|
||||
-10 -2 42 43
|
||||
65 -33 20 44
|
||||
-30 -27 12 45
|
||||
6 -72 24 46
|
||||
-7 -52 61 47
|
||||
-49 -42 1 48
|
||||
-49 25 -1 49
|
||||
-5 18 34 50
|
||||
-23 11 64 51
|
||||
31 33 26 52
|
||||
-0 30 27 53
|
||||
-53 -22 23 54
|
||||
-42 -55 45 55
|
||||
-50 -34 26 56
|
||||
48 22 10 57
|
||||
31 56 14 58
|
||||
44 -8 57 59
|
||||
49 35 -12 60
|
||||
-56 -50 10 61
|
||||
2 -24 30 62
|
||||
29 -39 59 63
|
||||
-42 -74 0 64
|
||||
-34 55 4 65
|
||||
13 -1 70 66
|
||||
42 -0 47 67
|
||||
-3 42 16 68
|
||||
5 23 37 69
|
||||
51 -29 -4 70
|
||||
0 -15 47 71
|
||||
52 -33 8 72
|
||||
34 16 -8 73
|
||||
-7 -71 42 74
|
||||
-29 -43 61 75
|
||||
33 -53 44 76
|
||||
-55 -40 14 77
|
||||
-17 -59 64 78
|
||||
56 -5 13 79
|
||||
46 -47 -17 80
|
||||
-11 26 25 81
|
||||
22 -42 69 82
|
||||
-13 -40 1 83
|
||||
43 -23 20 84
|
||||
-53 -49 43 85
|
||||
-47 11 23 86
|
||||
54 -43 22 87
|
||||
53 33 1 88
|
||||
10 22 27 89
|
||||
-55 -9 12 90
|
||||
-58 -30 -4 91
|
||||
-42 45 -2 92
|
||||
56 -46 11 93
|
||||
-45 -32 47 94
|
||||
11 -66 42 95
|
||||
-28 -79 19 96
|
||||
-47 -76 -10 97
|
||||
-2 38 36 98
|
||||
-54 -23 43 99
|
||||
-28 52 21 100
|
||||
47 -50 29 101
|
||||
-2 -35 31 102
|
||||
50 -20 42 103
|
||||
-42 38 21 104
|
||||
26 50 27 105
|
||||
58 -53 -14 106
|
||||
47 10 33 107
|
||||
32 -26 13 108
|
||||
-46 31 -13 109
|
||||
10 -46 73 110
|
||||
27 -37 -13 111
|
||||
43 -72 28 112
|
||||
52 -2 -16 113
|
||||
-2 -37 44 114
|
||||
38 43 15 115
|
||||
-60 -25 14 116
|
||||
-41 6 33 117
|
||||
-2 -13 12 118
|
||||
42 -66 -8 119
|
||||
9 -4 6 120
|
||||
29 1 4 121
|
||||
15 5 7 122
|
||||
-42 25 30 123
|
||||
-26 -40 -8 124
|
||||
65 -31 -9 125
|
||||
44 -53 47 126
|
||||
-18 -76 -24 127
|
||||
-35 20 51 128
|
||||
-28 -58 48 129
|
||||
-49 -26 5 130
|
||||
-53 -10 24 131
|
||||
-47 -51 -21 132
|
||||
58 -16 7 133
|
||||
49 -42 45 134
|
||||
40 -72 14 135
|
||||
-32 -55 -25 136
|
||||
-14 -18 40 137
|
||||
-41 -75 26 138
|
||||
-16 -77 34 139
|
||||
4 -48 51 140
|
||||
-68 -41 -5 141
|
||||
35 -67 -34 142
|
||||
22 39 39 143
|
||||
-56 -13 -10 144
|
||||
15 -63 26 145
|
||||
-15 4 8 146
|
||||
29 -77 25 147
|
||||
38 -17 45 148
|
||||
23 10 1 149
|
||||
66 -8 25 150
|
||||
51 -6 32 151
|
||||
-39 -75 44 152
|
||||
-11 45 8 153
|
||||
52 7 -30 154
|
||||
-21 41 -20 155
|
||||
-12 -95 -13 156
|
||||
8 42 -5 157
|
||||
34 38 -12 158
|
||||
-16 -46 73 159
|
||||
37 -84 13 160
|
||||
18 -47 -10 161
|
||||
-11 -56 16 162
|
||||
48 25 27 163
|
||||
-53 3 -27 164
|
||||
46 16 -30 165
|
||||
-31 19 -19 166
|
||||
37 -81 1 167
|
||||
52 -59 36 168
|
||||
27 16 -17 169
|
||||
24 45 -15 170
|
||||
-44 12 -34 171
|
||||
-46 -61 21 172
|
||||
-49 -11 35 173
|
||||
-25 -98 -12 174
|
||||
-33 -79 -13 175
|
||||
11 -54 17 176
|
||||
23 33 48 177
|
||||
-3 -49 13 178
|
||||
12 -17 8 179
|
||||
-38 -33 17 180
|
||||
8 48 -15 181
|
||||
-10 39 52 182
|
||||
43 -78 -12 183
|
||||
20 -29 60 184
|
||||
-40 -19 54 185
|
||||
-20 45 39 186
|
||||
13 30 59 187
|
||||
-24 -91 19 188
|
||||
-16 29 53 189
|
||||
8 -91 -7 190
|
||||
-21 -31 61 191
|
||||
6 67 -4 192
|
||||
17 -80 -34 193
|
||||
-23 -30 72 194
|
||||
2 -28 60 195
|
||||
15 -77 31 196
|
||||
3 -17 58 197
|
||||
55 -31 -17 198
|
||||
-31 -10 -36 199
|
||||
-40 -88 -6 200
|
||||
-18 63 -9 201
|
||||
27 -59 -9 202
|
||||
49 -3 -38 203
|
||||
-31 -11 -0 204
|
||||
65 -24 -19 205
|
||||
17 -28 -17 206
|
||||
-7 51 -1 207
|
||||
24 32 -18 208
|
||||
9 54 3 209
|
||||
-7 -55 27 210
|
||||
-21 -22 -20 211
|
||||
34 54 -13 212
|
||||
-38 -15 69 213
|
||||
-38 -27 69 214
|
||||
65 -12 -19 215
|
||||
-16 -52 -1 216
|
||||
-8 48 23 217
|
||||
-3 44 -9 218
|
||||
-37 -29 -26 219
|
||||
27 -97 -13 220
|
||||
17 -91 -14 221
|
||||
6 54 16 222
|
||||
8 41 -24 223
|
||||
8 -48 31 224
|
||||
24 -87 24 225
|
||||
-58 -26 -15 226
|
||||
29 -17 71 227
|
||||
-68 -23 -16 228
|
||||
-10 -18 7 229
|
||||
-13 -17 75 230
|
||||
-7 -33 72 231
|
||||
15 -87 37 232
|
||||
-20 64 19 233
|
||||
42 -20 55 234
|
||||
26 -79 -16 235
|
||||
-10 55 39 236
|
||||
13 -33 75 237
|
||||
33 -12 -34 238
|
||||
-26 -90 3 239
|
||||
-7 -21 65 240
|
||||
10 -17 74 241
|
||||
-44 -65 35 242
|
||||
6 -59 35 243
|
||||
6 64 22 244
|
||||
-18 -68 5 245
|
||||
-16 -65 -20 246
|
||||
8 -72 11 247
|
||||
13 55 38 248
|
||||
-14 -91 31 249
|
||||
-3 -81 21 250
|
||||
20 -86 -2 251
|
||||
-50 -7 -39 252
|
||||
-56 -45 -24 253
|
||||
-8 -81 7 254
|
||||
20 -66 2 255
|
||||
6 -81 6 256
|
||||
52 -34 -27 257
|
||||
-15 -72 -8 258
|
||||
6 -24 -0 259
|
||||
28 -77 -32 260
|
||||
22 -58 -23 261
|
||||
1 -62 -18 262
|
||||
-22 7 -5 263
|
||||
-5 -28 -4 264
|
||||
|
|
|
@ -11,7 +11,7 @@ import numpy as np
|
|||
import pandas as pd
|
||||
from numpy.typing import ArrayLike
|
||||
|
||||
from ..utils.logging import logger, raise_error
|
||||
from ..utils.logging import logger, raise_error, warn_with_log
|
||||
|
||||
|
||||
# Path to the VOIs
|
||||
|
|
@ -45,7 +45,9 @@ _available_coordinates: Dict[
|
|||
"VigAtt": _vois_meta_path / "VigAtt_VOIs.txt",
|
||||
"WM": _vois_meta_path / "WM_VOIs.txt",
|
||||
"Power": _vois_meta_path / "Power2011_MNI_VOIs.txt",
|
||||
"Power2011": _vois_meta_path / "Power2011_MNI_VOIs.txt",
|
||||
"Dosenbach": _vois_meta_path / "Dosenbach2010_MNI_VOIs.txt",
|
||||
"Power2013": _vois_meta_path / "Power2013_MNI_VOIs.tsv",
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
|
@ -134,9 +136,27 @@ def load_coordinates(name: str) -> Tuple[ArrayLike, List[str]]:
|
|||
The coordinates.
|
||||
list of str
|
||||
The names of the VOIs.
|
||||
|
||||
Warns
|
||||
-----
|
||||
DeprecationWarning
|
||||
If ``Power`` is provided as the ``name``.
|
||||
|
||||
"""
|
||||
if name not in _available_coordinates:
|
||||
raise_error(f"Coordinates {name} not found.")
|
||||
|
||||
# Put up deprecation notice
|
||||
if name == "Power":
|
||||
warn_with_log(
|
||||
msg=(
|
||||
"`Power` has been replaced with `Power2011` and will be "
|
||||
"removed in the next release. For now, it's available for "
|
||||
"backward compatibility."
|
||||
),
|
||||
category=DeprecationWarning,
|
||||
)
|
||||
|
||||
t_coord = _available_coordinates[name]
|
||||
if isinstance(t_coord, Path):
|
||||
df_coords = pd.read_csv(t_coord, sep="\t", header=None)
|
||||
|
|
|
|||
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